Vùng tự trị có quy chế chính trị và hành chính riêng và có chính phủ riêng. Đứng đầu cơ quan hành pháp là Chủ tịch điều hành vùng (Presidente do Governo Regional) được bổ nhiệm bởi những người đại diện nước Cộng hoà theo kết quả của cuộc bầu cử quốc hội. Còn về lập pháp thì có quốc hội vùng, được bầu theo phổ thông đầu phiếu, bằng cách sử dụng phương pháp D'Hondt theo lối đại diện tỷ lệ.

Ban đầu, chủ quyền của nước Cộng hòa Bồ Đào Nha được đại diện trong từng vùng tự trị bởi Bộ trưởng nước Cộng hoà (Ministro da República), được đề cử bởi Chính phủ nước và được Chủ tịch nước bổ nhiệm. Sau cải tổ Hiến pháp Bồ Đào Nha lần thứ sáu được thông qua vào năm 2006, Bộ trưởng nước Cộng hoà đã được thay thế bằng một đại diện ít quyền lực hơn (Representante da República), chỉ được độc quyền chỉ định bởi Tổng thống.